Tutoriels: M1 STAPS 2024-2025: PubMed

Présentation de PubMed

PubMed est LE moteur de recherche incontournable en sciences médicales et biomédicales.

PubMed est gérée & développée par le NCBI (National Center for Biotechnology Information) de la NLM (National Library of Medicine).

PubMed = Public Access to Medline
Interface d'interrogation de la base de données bibliographiques - la base MEDLINE .
Spécialisée en littérature biomédicale.
Interface libre et gratuite en anglais.
Les résultats sont gratuits mais pas la lecture des articles en PDF.
Thesaurus MESH pour une recherche plus pertinente.
Contient les revues contenus dans Medline + d'autres revues envoyées directement par les éditeurs qui ne font pas partie des revues indexées dans Medline.
Accès privilégié à l'archive ouverte en littérature biomédicale PubMed Central (PMC).

En 2021, PubMed comprend plus de 32 millions de références, à partir de 1946. Certaines d'entre elles donnent accès au texte intégral.

Plus de 29000 revues sont indexées dans PubMed.

Qu'est-ce qu'on ne trouve pas dans PubMed ? Le périmètre couvert est international mais très largement anglo-saxon : beaucoup d'articles publiés dans des revues francophones n'y sont pas indexés. Certains types de ressources comme les recommandations émanant des institutions nationales ne s'y trouvent pas ou peu.

Dans Journals, retrouver l'ensemble des revues référencées y compris celles indexées dans Medline.

Accès au moteur PubMed

Accéder aux articles en ligne sur les bases de données des éditeurs via votre authentification universitaire Rennes 2

Le thesaurus MESH = Medical Subject Heading

Un vocabulaire contrôlé, le thésaurus* MeSH

Dans PubMed, les articles sont indexés avec un système de mots-clefs (=descripteurs) hiérarchisés : le MeSH (Medical Subject Headings), qui permet de :

Prendre en compte automatiquement les synonymes (Trisomy 21 = Down Syndrome = Mongolism)
Réaliser des recherches fines, en allant du général au particulier

Les termes MeSH (descripteurs) sont répartis en 16 grandes catégories, structurées en arborescence (des termes plus génériques aux termes plus spécifiques). Par exemple : diseases category > digestive system diseases > liver diseases

Attention : les articles les plus récents (deux semaines) n'ont pas de mot-clé MeSH. Il faut quelques jours entre l'entrée dans la base de données et l'enrichissement des notices par les documentalistes de la NLM.

* Thesaurus = langage documentaire. Liste structurée et hiérarchisée de termes normalisés, liés entre eux par des relations sémantiques et couvrant les domaines de la connaissance.

Pour trouver les mots Mesh correspondants à sa recherche, on dispose de 2 outils : Hetop qui est une interface en français sur le site du CISMEF ou le Mesh database, interface en anglais sur le site de PubMed.

Interroger PubMed

Bruit et résultats peu pertinents

La recherche est lancée en plus dans tous les champs (résumé, auteur, etc.) : [All Fields]
Les articles très récents ne sont pas encore indexés

PubMed cherche uniquement dans les mots-clé MeSH attribués par les documentalistes de la NLM.

Les résultats sont plus précis.
Un terme unique retenu par concept.

Si vous ne connaissez pas le terme Mesh, vous pouvez faire votre recherche en sélectionnant dans le menu déroulant MeSH

Votre compte MyNCBI vous permet entre autres de gérer vos références, de sauvegarder vos stratégies de recherche et de mettre en place des alertes documentaires.

Détail d'une notice

Présentation et utilisation du portail terminologique de santé, HeTOP

Par défaut, HeTOP recherche au sein du MeSH et de la terminologie CISMeF. Pour les autres terminologies et ontologies disponibles cliquer sur Liste des ressources termino-ontologiques disponibles.

Résultats de la recherche dans l'onglet description. On retrouve la traduction, la définition, les synonymes du mot-clé et d'autres expressions contenant le terme recherché

Dans l'onglet Hiérarchies, on trouve les différentes arborescences du thésaurus MeSH auxquelles appartient le descripteur Troubles du développement neurologique.

Les relations entre les termes associés au descripteurs.

L'onglet PubMed / Doc'CISMeF permet d'interroger PubMed directement, après avoir sélectionné les qualificatifs souhaités (classés par thème) et choisi le cas échéant "seulement les principales" (équivalent de Major Topic), puis en cliquant sur l'icône PubMed. L'avantage de cette interface est que l'équation créée prendra en compte les articles qui ne sont pas indexés en MeSH, en récupérant automatiquement tous les synonymes.