Après l'installation de Zotero, il est conseillé d'éditer les préférences. L'ensemble du paramétrage de Zotero se trouve dans le menu Edition >Préférences (pour PC)

- Préférences générales : apparence et divers paramètres (joindre ou non automatiquement les fichiers associés lors de l'enregistrement d'une référence)
- Synchronisation : compte en ligne, réinitialisation
- Recherche : indexation des fichiers PDF et statistiques
- Exportation : format et langue utilisés pour la citation rapide
- Avancées : emplacement des données, raccourcis clavier, intégrité de la base, résolveur de liens, encodage des caractères etc.